Что бы запаковать пакеты в DEB, установленные на вашем сервере или компьютере, с настройками, которые вы проводили ранее в системе, рекомендую установить dpkg-repack.
И так, устанавливаем dpkg-repack:
| sudo apt-get install dpkg-repack | 
Создаем скрипт в домашней директории (я назвал его user_name, исправьте на своего пользователя) для сбора пакетов:
| nano /home/user_name/repack-deb.sh | 
С таким содержимым:
| #!/bin/sh | 
Сохраняем скрипт и назначаем права
| chmod 777 /home/user_name/repack-deb.sh | 
запускаем скрипт:
| sudo ./repack-deb.sh | 
Далее, можно создать репозитарий, пользуясь  этой инструкцией
ПОМНИТЕ, что пакеты, которые были запакованы таким способом, унаследуют настройки источника.

